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Table 2 List of highly deleterious nsSNPs screened by nine computational programs.

From: A computational analysis reveals eight novel high-risk single nucleotide variants of human tumor suppressor LHPP gene

RSID

A.A Change

SNAP2

PROVEAN

POLYPHEN 2

Predict SNP

MAPP

PhD-SNP

SIFT

PANTHER

PMUT

rs142386969

G227R

E

DL

PD

DL

DL

DL

DL

PD

DI

rs143345981

R234C

E

DL

PD

DL

DL

DL

DL

PD

DI

rs199534407

I212T

E

DL

PD

DL

DL

DL

DL

PD

DI

rs372122309

G222R

E

DL

PD

DL

DL

DL

DL

PD

DI

rs375457352

P190A

E

DL

PD

DL

DL

DL

DL

PD

DI

rs531050111

Y172S

E

DL

PD

DL

DL

DL

DL

PD

DI

rs573011028

L231P

E

DL

PD

DL

DL

DL

DL

PD

DI

rs573011028

L231R

E

DL

PD

DL

DL

DL

DL

PD

DI

rs754022892

L22P

E

DL

PD

DL

DL

DL

DL

PD

DI

rs759890361

N55T

E

DL

PD

DL

DL

DL

DL

PD

DI

rs759928988

G236R

E

DL

PD

DL

DL

DL

DL

PD

DI

 

G236W

E

DL

PD

DL

DL

DL

DL

PD

DI

rs766371253

L91P

E

DL

PD

DL

DL

DL

DL

PD

DI

rs772361101

L199P

E

DL

PD

DL

DL

DL

DL

PD

DI

rs778152634

R51S

E

DL

PD

DL

DL

DL

DL

PD

DI

rs778834983

D219N

E

DL

PD

DL

DL

DL

DL

PD

DI

rs899597192

V80G

E

DL

PD

DL

DL

DL

DL

PD

DI

rs984607794

Y23N

E

DL

PD

DL

DL

DL

DL

PD

DI

 

Y23D

E

DL

PD

DL

DL

DL

DL

PD

DI

rs1202486494

V233M

E

DL

PD

DL

DL

DL

DL

PD

DI

rs1263254735

D214G

E

DL

PD

DL

DL

DL

DL

PD

DI

rs1302605486

Q58P

E

DL

PD

DL

DL

DL

DL

PD

DI

rs1309201353

V186E

E

DL

PD

DL

DL

DL

DL

PD

DI

rs1311232035

G13R

E

DL

PD

DL

DL

DL

DL

PD

DI

rs1311232035

G13W

E

DL

PD

DL

DL

DL

DL

PD

DI

rs1361592111

R234P

E

DL

PD

DL

DL

DL

DL

PD

DI

rs1382625953

G29C

E

DL

PD

DL

DL

DL

DL

PD

DI

rs1486839697

L68F

E

DL

PD

DL

DL

DL

DL

PD

DI

rs1564759586

G35D

E

DL

PD

DL

DL

DL

DL

PD

DI

rs1564805010

Q224P

E

DL

PD

DL

DL

DL

DL

PD

DI

rs1589821103

V233G

E

DL

PD

DL

DL

DL

DL

PD

DI

rs1953247951

L101P

E

DL

PD

DL

DL

DL

DL

PD

DI

rs1953781167

P190R

E

DL

PD

DL

DL

DL

DL

PD

DI

 

P190L

E

DL

PD

DL

DL

DL

DL

PD

DI

  1. A total of 35 nsSNPs have been predicted deleterious by all in silico tools
  2. E effect; DL deleterious; PD probably damaging; DI disease